mmmm el mp3 tiene mejor calidad y
compresión que el wav, debe haber algo por ahí, mira en este momento se me ocurre que a lo mejor la sincronización del sonido con la linea del tiempo la estas poniendo en un stream, entonces si la pelicula corre sin un preloader y es pesada, puede que se distorsione un poco el sonido, aunque no se a que grado, te recomiendo que experimentes con las sincronizaciones que te da el flash y con los efectos, todo en el panel de sonido. Un wav hará tu swf muy pesado. Suerte.
Saludos desde México.