No veo tu problema. Con nextLine obtienes el fichero línea a línea.
Luego puedes utilizar el bucle que indicas o la función split, de la que te doy un ejemplo:
Código:
do{
String linea = s.nextLine();
String[] campos = linea.split(",");
for(String campo : campos)
//hago lo que quiero recorriendo los campos
}while (s.hasNextLine());