Hola:
Parece que lo que quieres es algo parecido a la parte de "seguridad" que implementé en mi sistema de comentarios:
Ponga comentarios en su web...
Si es así, tal como puedes verlo en la página, al crear un comentario (supongo que en tu caso será una confirmación de alta), por el id que genera la tabla (campo id autoincrement), genero una cadena asociada a ese id (puedes usar el código de la misma página, que se modifica en cada visita aleatoriamente), a la vez en la tabla hay un campo que llamo "activo" y se pone a 0 en la inserción, pero cambia en la activación...
Luego se envía el email a la dirección que debe rellenar obligatoriamente (el que quiere participar, por supuesto), con esa clave y un enlace a la página de activación (por ejemplo: activar.php?id=123456). Luego simplemente activas el registro si coincide la clave que deben insertar en un campo de un formulario, con la clave que genera ese id.
Espero que te sirva.
Saludos