Si modificas el contenido de tu website dinamicamente no va a indexar, ssí que sea cual sea la manera que lo hagas con JavaScript va a ser en vano.
En todo caso, si estas sirviendo el site en php usa la misma variable para imprimir el title y el h1:
Código PHP:
Ver original<html>
<head>
<title>Mi sitio - <?php echo $seccion ?></title>
</head>
<body>
<h1><?php echo $seccion ?></h1>
<p>Lorem ipsum...</p>
</body>
</html>