No, has tenido que cambiar algo más.
Cita: File archivo_server = new File("c:/subidos/"+item.getName());
A la ruta "C:/subidos" le añades algo más y teniendo en cuenta el mensaje que te sale
Cita: c:\subidos\C:\Documents and Settings\Jorge\Mis documentos\PROYECTO\ManualXML.pdf
Hay que suponer que del item (cuyo origen desconocemos) estás cogiendo
Cita: C:\Documents and Settings\Jorge\Mis documentos\PROYECTO\ManualXML.pdf