Configurar NameServer

[fido-strike]

No se si esta bien definido el titulo, pero el caso es este:

Acabo de contratar un servidor VPS el cual al momento de registrarme lo habia contratado con un dominio ya existente (contratado x mi mismo )en los nameservers, por lo cual quedo asi s1.midominio.com y s2.midominio.com.

Una vez me envian los datos de configuracion de WHM para asignar dominios para el Cpanel se me puso complicado la cosa, pero al final creo haber terminado bien, solo que despues de haber configurado el WHM hasta el ultimo paso, me di cuenta de que este sistema de WHM es para administrar cuentas en mi VPS, es decir, como si yo fuera el proveedor de hosting, por lo cual para poder acceder al cpanel de mi dominio ya existente, necesitaba crear una cuenta con el mismo dominio, entonces, si ya lo habia usado este dominio al momento de realizar la compra, me pregunto:

¿No afectara a la web de la cuenta que he creado con el mismo dominio?

Ademas de eso, por si acaso me decidi comprar un nuevo dominio para poder poner este como dominio principal de mi VPS, es decir, el servidor, para poder cambiar el s1.midominio.com y s2.midominio.com por el nuevo dominio (s1.nuevodominio.com y s2.nuevodominio.com), y el dominio que tenian normalmente asignarlo ya como una cuenta nueva en WHM.

El caso es ahora que no se como cambiar este dominio que ya existia y que ahora mismo esta en marcha, por el nuevo dominio, imagino que se hara en el WHM tambien, aunque ya he cambiado algunas cosas en WHM no se si esta bien, esto es nuevo para mi.

Por favor si alguien puede indicarme o ayudarme.

PD: este nuevo dominio deveria ser el que se use para las DNS de las nuevas cuentas en WHM, pero como creo esas DNS, o basta con poner, ns1.nuevodominio.com en el WHM, si fuese asi, como ya he mencionado ya lo he cambiado en no se que partes que se encontraba el dominio anterior. pero aun asi tengo el presentimiento de que no esta funcionando, no se si tengo que hacer algo mas o el hecho de que al momento de registrar el VPS ya he usado el dominio que ya tenia siempre es irevocable.?