Exacto!
De veras me agradó que lo tomes así de fácil, por que es la verdad.
Si con PHP imprimes HTML, el resultado es HTML.
Si con PHP imprimes CSS, el resultado es CSS.
Si con PHP generas una imagen, es una imagen el resultado, no PHP.
Y así, con una larga lista de posibilidades.
De hecho, tu solución podría haber quedado así:
Código HTML:
<script language="javascript">window.open("fpdf.php");</script>
<script language="javascript">window.location='formulario. php';</script>
Y como puedes observar, es solo HTML.
Si vas comenzando resulta excelente entender esta diferencia, pues si no lo haces es seguro que mas de uno se molestará cuando mezclas peras con manzanas.