Hola,
no si esto te valdrá pero, con estos modulos puedes agregar tu propio codigo.
Y donde dejas su librerias de js o lo que sea pues simplemente creo si pones en el root de tu sitio una carpeta llamada por ejemplo
js y en las rutas las pones bien, te debería funcionar.
Para poner tu codigo en un modulo, puedes usar este:
http://extensions.joomla.org/extensi...-modules/15251
o directamente en el articulo:
http://extensions.joomla.org/extensi...n-content/1023 