Sólo tienes que poner entre comillas la ruta:
Código C:
Ver originalString ruta = "\"C:\Program Files\Adobe/mi_exe.exe\"";
Lo que tienes que hacer es escapar las comillas para que Java no las interprete como
una cadena del lenguaje sino un caracter.
Al ponerlo entre comillas el interprete de comandos de windows te reconoce bien los espacio.
A ver si esto te sirve.