Hola amiga(o)
Hace poco tuve el mismo problema. y es que los espacios los trata como saltos de linea, lo que hice fue algo parecido a esto, solo con las rutas:
Código PHP:
String ruta = "C:\Program Files\Adobe/mi_exe.exe"
ruta = ruta.replace(' ', '%');
De esta forma sustituye todos los espacios, y ya no te los toma como saltos de linea,
espero haberte ayudado,