Mira las rutas de los thumbnails de cada uno:
De la web original :
Cita: /portfolio/thumb1/img_001_thumb.jpg
De tu web:
Cita: thumbnail.php?imagefolder=portfolio/foto1&thumbfolder=portfolio/thumb1&name=img_001.jpg&im=portfolio/foto1/img_001.jpg
Haz tocado algo del script ? Es más un problema de rutas, o estas posicionando los archivos en carpetas diferentes sin seguir el orden que deben.
Saludos