pues evidentemente no estas relacionando las tablas, ¿en que parte de la tabla calificaciones colocas a que alumno pertenecen?
tendria que ser algo así:
Código MySQL:
Ver originalcalificaciones (id_alumno, parcial1, parcial2, parcial3, promedio, condicion)
a mi parecer no tienes que ponerle un id a cada calificación, pues no es necesario, pero si ponerle el id del alumno al que pertenecen
con eso tu buscador solo tendría que hacer esta consulta
SELECT * FROM calificaciones JOIN alumnos ON alumnos.id = calificaciones.id_alumno WHERE alumnos.nombre LIKE %.$variable.%
más o menos.