en IE6 aparecen problemas como estos.
el doble margin y/o padding, el problema con los PNG, etc...
Mis alternativas han sido usando un script javascript que hace que IE6 y IE7, se comporten como IE8 y soluciona estos problemas que te he mencionado.
U otra alternativa es usar hacks exclusivos para IE6 y darle un margin menor, tratardo, que quede igual al margin original.
Y por ultimo, usando la misma alternativa de ponerle un padding menor exclusivo para IE6, pero "SIN USAR HACKS" (para que valide), uso una hoja de estilos diferente para IE6.
Saludos.