Otra puede ser:
Haces un nuevo frameset sólo para ese tercer enlace, de modo que al pinchar el link, se abra en toda la página el nuevo esquema que será igual al anterior sólo que con el frame B mostrando el contenido que requieras.
Es decir, en lugar de tener el enlace así:
Cita: <a href="contenido.htm" base target="frameB">
...será
Cita: <a href="frameset_tercer_enlace.htm" base target="_top">
En donde "frameset_tercer_enlace.htm" es una división en dos frames similar a la de los enlaces 1 y 2, pero exclusiva para el ítem 3.
Qué tal? Quedó más o menos claro o peor?