Si estas usando Zend_Application es sencillo, y en el
Quickstart hay un ejemplo sencillo de como levantar el Zend_Application, obtener el bootstrap para realizar tareas.
Si programas todo correctamente (dejando tus modelos lo mas autonomos posible) no es muy complicado, solo configuras el DB resource, el Resource Loader e instancias tus modelos para trabajar con ellos.
Saludos.