Te sugiero que cambies el password de tus cuentas ftp, verifique si tu PC está infectado con algún virus, si usas scripts de terceros actualizalos a la última versión.
Limpia tus archivos removiendo el código incrustado, este puede estar en archivos html, asp, php, js, etc; o mejor solicita que restauren un backup de tu sitio web.
Una vez que hallas seguido estos pasos solicita que revisen tu sitio web para que sea removido como peligroso, puedes hacerlo desde el siguiente link
http://stopbadware.org/home/reportsearch