es que el ancho del "contenedor" es 1000px y a eso debes sumarle los margenes, padding, bordes de los elementos interiores.
La medida recomendada es mas o menos 950 a 980 (no recuerdo exactamente), así que ve probando.
Busca en este foro sobre medidas aconsejadas para la resolución de 1024x768.
También te dejo este link donde se explica sobre el ancho total de una caja (div)
http://librosweb.es/css/capitulo4/ma..._de_cajas.html
saludos