Si quieres aquellos que están en la tabla 1, pero no en la tabla 2, entonces debes buscar aquellos donde tabla2.id es NULL en el LEFT JOIN.
Lo que tienes que tener en cuenta es que la tabla Tabla3 debe, en ese caso, tener un INNER JOIN con la Tabla1, y no la Tabla2, ya que esta no está devolviendo ningún valor utilizable (todos son NULL).
¿Se entiende?