Css afecta a mi buscador google

[daidalos]

El problema es algo complicado, tu css tiene un fix global, esta en la linea 1

* {
border: 0 none;
font-family: arial;
font-size: 1em;
margin: 0;
outline: 0 none;
padding: 0;
text-decoration: none;
vertical-align: baseline;
white-space: normal;
}

el asterisco significa que ese estilo se aplica a todos lo elementos, incluyendo los botones. Los botones crean ese efecto 3D usando bordes de diferentes colores, al eliminar los bordes tu boton se vuelve plano

usa este selector para afectar unicamente al botón y darle el estilo que quieras:

#cse-search-box input {

}