Ya esto me suena a Hackeo del sitio
.
Creo que deberias consultar con la gente de soporte técnico de tu host, a ver que te dicen.
Todo lo que dices es un comportamiento irregular, pero antes de avisarles, comprueba que aun tengas espacio en tu host, para publicar, de no ser asi, el problema puede estar en el espacio...
En cuanto a los archivos .zip, no creo que haya problema con subirlos al servidor, de hecho la mayoria los aceptan.
