Bueno no se si sea facil o complicado, jamas he usado el CMS wordpress.
Pero ahi te va una idea, agrega entre el head del index.php la libreria de jquery y el script que usa el pop up.
despues en el BODY, puedes agregar un include.
Y creas un archivo html aparte que contenda el div y el codigo css (en este caso seria el div pop up).
Y listo, no se si me entenderias, con eso del include y el archivo html del div externo.
Saludos
