de verdad que esta difícil lo que quieres hacer, yo lo que haría es eliminar todos los enlaces de la cadena recordando su posición con un identificador por ejemplo "link#" en el texto por ejemplo
palabra
clave palabra
<a enlace> clave palabra palabra
<a clave enlace> clave palabra
he marcado en rojo los enlaces y en verde las palabras claves, como veras hay una palabra clave en el segundo enlace, entonces tomo ambos enlaces y los cambio por el identificador:
palabra
clave palabra
LINK1 clave palabra palabra
LINK2 clave palabra
guardando cada uno en un array
$link[1]="<a enlace>"
$link[2]="<a clave enlace>"
luego marco las palabras claves con esa función que tienes:
palabra
clave palabra
LINK1 clave palabra palabra
LINK2 clave palabra
por ultimo reemplazo los links por lo que erán:
palabra
clave palabra
<a enlace> clave palabra palabra
<a clave enlace> clave palabra
como verás la palabra "clave" del enlace no se ha cambiado :)
espero que se haya entendido por que me demoró harto XD