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Iniciado por mogurbon 
duda , ¿el programa escrito en C# corre bien sin utilizar php? es decir ,¿ si lo corres a mano funciona desde el directorio donde se encuentra?
Hola mogurbon si si funciona me imprime Hola Mundo!
Como nota coloque entre comillas la función exec de esta forma y ahora al menos abre la pagina pero no muestra nada (antes de eso me marcaba error), la función exec quedo así
exec("/var/www/andon/helloWorld.exe");