Estás seguro de las rutas de tus archivos javascript? Es raro que tengas en diferentes niveles directorios del mismo nombre. No es que esté mal, pero sumado a tus comentarios lo primero que se me ocurre es que no estás escribiendo correctamente la ruta a tus archivos. Lo que me parece extraño es que sí te funcione en chrome (estás seguro de que en chrome todo funciona?).
También veo que pusiste mal el type de tu segundo javascript
: debería ser text/javascript y no jscript.
Código PHP:
<script type="text/javascript" src="../js/jquery-ui/js/jquery-1.5.1.min.js"></script>
<script type="text/jscript" src="/js/nav.js"></script>