Exactamente ese es el problema, el perder la asignacion de ID con los registros y crear incosistencias cruzando datos con ID falsos.
Pero si aun asi quieres quitarlo o si tienes muchos registros borrados en blanco puedes hacer los siguiente:
Abre la base de datos con ACCESS / seleccona la tabla / DISEÑO /Borra el campo de tipo automerico / cierra y guarda la tabla / abrela de nuevo en modo diseño / vuelve a crear un campo autonumerico con el mismo nombre / cierra y guarda.
Ya esta!, todos tus registros numerados desde el 1 hasta donde sea, sin numeros perdidos.
OJO, cuidado por lo que hemos comentado mas arriba, ya sabes copia de seguridad antes