PHP es un lenguaje de alto nivel, con lo que te quiero decir es que para trabajar con ese tipo de situaciones es mejor usar lenguajes de
bajo nivel algo así como java, que a pesar de que lo mencionan como un lenguaje de alto nivel, tiene muchas funciones de bajo nivel.
Es verdad que PHP puede ejecutar ciertas cosas del lado del servidor como por ejemplo usar
COM, pero que detecte automaticamente si hay un usb conectado y borrar su contenido, no es posible. Sí han implementado cosas como estas
http://stackoverflow.com/questions/5...122565#5122565 o tratar de ejecutarlo con exec o shell, etc. Aún así lo más recomendable es usar otro lenguaje que lo haga y que sea de bajo nivel.