Claro que puedes:
Puedes hacer tantos mysql_connect como quieras (habrá limitaciones, pero no de dos BBDD).
mysql_connect te devuelve un identificador de conexión ($link). Puedes utilizar ese link para los mysql_query.
Revisa
http://www.php.net/manual/es/function.mysql-query.php
y
http://php.net/manual/es/function.mysql-connect.php
Espero haberte sido de ayuda.