Mmm, a mí no se me ocurre mucho, pero podrías poner la capa con posición relativa, y luego, con JavaScript calculás el height; de esta y lo establecés por CSS, luego pones la capa como position:fixed; y listo, te queda el espacio.
Código:
<div>
<div style="position:relative;">asdasdasdasdasd</div>
</div>
<div>Página!</div>
Cuando comienza el scroll, evento detectado con JavaScript, lo cambias a lo siguiente.
Código:
<div style="height:20px;">
<div style="position:fixed;">asdasdasdasdasd</div>
</div>
<div>Página!</div>
Aquí, siendo 20px el tamaño de la capa con asdasdasdasd