Si te han pasado solo las class es que ya lo tienes compilado, no lo puedes editar. Tendrían que pasarte las sources (archivos .java) para poder editarlos.
Si tienes todo es posible que los .java no estén en su sitio o el path no esté correctamente definido.
Más información y soporte para BlueJ en:
http://www.bluej.org/help/archive.html#tip5