lo que deves hacer es guardar toda tu tabla en una variable php y luego en este codigo
<?php
require('WriteHTML.php');
$pdf=new PDF_HTML();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial');
$pdf->WriteHTML('You can<br><p align="center">center a line</p>and add a horizontal rule:<br><hr>');
$pdf->Output();
?>
cambiar esta linea
$pdf->WriteHTML('You can<br><p align="center">center a line</p>and add a horizontal rule:<br><hr>');
por esta
$pdf->WriteHTML($tuvariable);