Tanto alago me pone rojo
acerca de tu pregunta:
Cita: como grabaria esto a la base de datos al final de la transaccion?
no se si existirá un mecanismo que finalice la transacción (realmente no tengo experiencia con lectores de código de barra) y envía algún tipo de pulsación (como el caso del enter). Si no es así, creo que la opción más obvia es la de colocar un botón submit al formulario "finalizar transacción" y enviar los valores a un script del lado del servidor que se encargue de guardar los datos. SALUDOS.