Para ti mismo y tu entorno, sí. Para otros externos que visitan la página, no. Y creo no seria buena practica el hacerlo
Una forma es que vayas al Panel de Control, Opciones de carpeta, Tipos de archivos, selecciones la extension o tipo de archivo con que deseas que pase siempre (por ejemplo la extension .zip), dale al boton de Avanzado y con Accion de Abrir, deselecciona la casilla de Confirmar abrir.
Abre una nueva pagina en el IE para bajar algun archivo zip y veras que lo baja sin pedir confirmacion. Pero es eso para ti. Para otros usuarios,
no .