Puedes guardar clase.py donde quieras, pero al importarlo la dirección donde lo guardaste tiene que estar en el path.
Ejemplo:
Imagina que tienes 2 archivos
Código:
#clase.py
class Clase:
...
#otroArchivo.py
import clase
c = clase.Clase()
...
Ahora al ejecutar otroArchivo.py, clase.py debe de estar el path, la manera mas común de hacer esto es ponerlo en la misma carpeta de otroArchivo.py
Aunque puedes poner las clases que quieras dentro de otroArchivo.py (esto no es como java) ademas en java también puedes poner todas las clases que quieras dentro de un solo archivo.