No sé, si estás utilizando el util.loggin y no recuerdo mal, parte de su configuración se cargaba al arrancar la máquina virtual, por lo que no tienes por qué tener la misma configuración derivada de la JVM en windows y linux.
Busca como configurarlo o comprueba que tienes en los dos sitios la misma configuración
http://www.rgagnon.com/javadetails/java-0501.html Cita: Default values are defined in JRE_HOME/lib/logging.properties. To use a different properties file, you specify a filename with the java.util.logging.config.file system property.
java -Djava.util.logging.config.file=mylogging.props TestLog
o utiliza otro logger.