la verdad, no se si lo estoy comprendiendo. por casualidad, luego de generar el JPEG, ¿en que aplicacion estas abriendo el JPEG que refleja el daño? la aplicacion donde lo visualices tambien depende mucho ya que los perfiles para manejar los colores en cada aplicacion es distinto. por ejemplo, photoshop usa su propio perfil de colores pero el Window Picture Viewer utiliza el perfil del sistema y seguramente este no esta calibrado para mostrar correctamente CMYK. si es el caso, no tienes porque preocuparte. no obstante, la unica forma definitiva de asegurar que su trabajo quedara como lo deseas, es haciendo una prueba de impreso antes de ir en masa.
pd: ya solicite que movieran el tema. en un futuro proximo puedes hacerlo mediante el boton
que aparece debajo de nombre de usuario al publicar mensajes.