es lo mismo, a diferencia de que cuando usas jQuery obtendrás una instancia del objeto jQuery para manipular el objeto seleccionado con él, en cambio si usas document.getElementById
obtendrás el autentico nodo del DOM.
por ejemplo:
jQuery("#demo").html("así cambio el innerHTML con jQuery");
document.getElementById("demo").innerHTML ="así lo cambio con DOM";
y si intentas:
jQuery("#demo").innerHTML ="oop's esto no resultará
";