amos a ver... se supone que en cuanto subes algo (sea por cpanel o por algún programa de ftp como el CuteFtp) ya está disponible para poder verlo.
Es decir, según subes tu index.html, al medio segundo ya se puede ver, y no tienes que actualizar nada. Bueno, si ya tienes un index.html y quieres subir otro, pues cuando el CuteFtp te pregunte si sobreescribir el antiguo, dale a que SI y ya está.
No entiendo que problema puedes tener con eso
A lo mejor lo que te pasa es que tu subes por ejemplo Index.php y tu carpeta tiene un Index.html, por lo que se verá el html por defecto.
No se, explica mejor tu problema