Leer una línea en concreto

[cipos]

Hola pipipython.
Al método split se le puede o no pasar argumento para que divida a la cadena por el mismo, por defecto el argumento para separar es el espacio.
Si vos le pasas como argumento el fin de línea ("\n") en lugar de la coma (",") creo que estaría solucionado el problema de que te separa las comas que no deseas.
Ej:
Si usas read la cadena quedaría guardada de la siguiente manera:

cadena = "Pepe Pérez Fernández\nTécnico Superior Agrícola\nC/ Falsa 123, Urano"
lineaentera = cadena.split("\n")
lineaentera = ["Pepe Pérez Fernández","Técnico Superior Agrícola","C/ Falsa 123, Urano"]
Luego si haces:
lineaentera[2] = "C/ Falsa 123, Urano"

O sea, sería:

cadena = open("doc.txt","r").read()
linea3 = cadena.split("\n")[2]

Espero que te sirva, saludos!.

PD: disculpas si hay algún error, hace poco empece a estudiar python. Creo que eso andaría pero tal vez hay alguna solución "mejor" a tu problema.