Cita: Agradeceria que me expliquen porque pasa esto??? Tendria que haber una sentencia para eliminar los registros basura de la tabla o no?
Estás confundiendo una tabla de una base de datos con una tabla de Excel, y no es lo mismo. Ni siquiera se parecen a archivos de texto donde tu agregas algo al final y allí se queda.
En los motores de bases de datos el orden de los registros no está necesariamente definido por su orden de ingreso cronológico. Están definidos por su clave primaria, que es la que mantiene el orden físico de los registros en el disco. Por eso es tan importante establecer correctamente qué columna o columnas se usan como clave primaria. Si y sólo si la PK es tal que permita mantener el orden cronológico de entrada, esta se verá reflejada en una consulta simple.
Además de ello, el hecho de que la PK mantenga un orden definido en la tabla no implica que una consulta no pueda devolver los registros en un orden diferente, según se necesite. Por ello existe la cláusula ORDER BY, en el SELECT.
En definitiva, tu problema en realidad no existe. Lo que tienes en todo caso es un error de construcción de la tabla porque la misma no cuenta con una columna tal que pueda ser usada para mostrar los registros en un orden específico, o bien no estás usando correctamente el SQL para las consultas, ya que no estás haciendo que el DBMS te devuelva lo que necesitas de la forma en que lo necesitas.
Te conviene estudiar más profundamente el uso y capacidades básicas del SQL, y también algo más de bases de datos, para que comprendas mejor qué es lo que hace MySQL cuando creas una tabla y le insertas datos.