Debes hacer uso de la libreria BufferedReader asi:
Código PHP:
BufferedReader bf = new BufferedReader(new FileReader("datos.txt"));
Luego de esto, debes recorrer el archivo e insertarle los insert mas o menos asi:
Código PHP:
while ((sCadena = bf.readLine())!=null) {
sInsert += "INSERT INTO tabla (columna) VALUES ('+sCadena+');";
}
y luego lo insertas:
Código PHP:
executeQuery(sInsert);
Con eso deberia funcionar.