La biblia de Java habla de JAVA su nombre lo indica.... a pesar de que pueda tener partes dedicadas a sql.
Cita: Una alternativa gratuita al SQL
SQL es un standar gratuito en todo caso será una alternativa a uno de los servidores de pago que usan ese modelo.
Cita: el Modelo E/R mas Conceptualizado
el modelo E/R no es distinto para MySQL ni para cualquier otro motor de pago o no...
Busca manuales de SQL o de bases de datos relacionales en general para entender primero los conceptos teoricos y luego mira como se han implementado en el motor que uses...