El problema principal puede ser el que dice masclet, yo tengo un hosting en OVH con multidominios (que supongo que te referirás a eso) y no hay ningún problema, o eso creo.
De todas formas si subes un script como puede ser wordpress (para una futura web) y lo metes en el directorio de la web principal (
www.ppsmil.com -> /www) en el dominio principal se indexarían páginas de este estilo (
www.ppsmil.com/wordpress -> /www/wordpress) y por lo que he comprobado no es bueno. Puedes desactivar la indexación de estas carpetas hasta que dispongas del dominio y configures el multidominio.
Puedes subirlo en el root y crear una carpeta (/www2) por ejemplo para que no pase esto.
Si me equivoco que alguien me corrija :)
Un saludo!