Cita: porque desde home.php y desde include/archivo.php incluyo include/incluyeme.php que a su vez incluye a include/db/connect.php. Si llamo desde niveles distintos a lo mismo, me falla, porque tanto include como require son una especie de copy&paste.
Desde home.php:
include 'include/incluyeme.php'
Desde include/archivo.php:
include 'incluyeme.php';
Desde include/incluyeme.php:
include 'db/connect.php';
etc.
Da lo mismo si se usa Netbeans, Komodo, NotePad++, etc. PHP funciona así, si deseas incluir un archivo que está en la misma carpeta poner sólo el nombre del archivo más la extensión. Si deseas incluir un archivo que está en una carpeta padre pones '../nombre-archivo.php' o bien dirname(__FILE__) . '/nombre-archivo.php';.
Antes de emprender un proyecto se debe establecer una cierta política sobre como ordenar las carpetas, lo que te sugerí es que la aplicación tenga una única entrada 'index.php' desde la que se incluyen los demás archivos, si deseas hacerlo de otra forma debes tener en cuenta incluir cada archivo con una ruta relativa. En tal caso no importa si se esté en www/proyecto/ o www/dir/proyecto, porque se accede a las carpetas de forma relativa a la posición actual.
Espero que solucionen rápidamente su problema.
Saludos.