ok, no entiendo por que razón no toma el typeof iexplorer... pero en fin sera materia de investigación

solución rapida, volver al script original en donde se cambiaban los colores directamente desde el manejador de eventos:
Código HTML:
<html>
<head>
<style>
*{ margin: 0; padding: 0; cursor: default; }
ul{ list-style: none; }
li{
font-size: 16px;
border-bottom: 1px solid #333;
padding: 5px;
background-color: #ddd;
}
#wrapper{ width: 600px; }
#content{
background-color: #eee;
width: 400px;
float: left;
height: 93px;
}
#content div{
display: none;
font-size: 32px;
padding: 5px 10px;
}
#menu{
width: 200px;
float: right;
}
.clear{ clear: both; }
</style>
<script>
var cont = ["foo","bar","baz"];
var i = 0;
var ctr,ctr2;
function displayContent(id,e){
if(document.getElementById(id).style.display == 'block'){
document.getElementById(id).style.display='none';
}else{
document.getElementById(id).style.display='block';
}
}
function limpiar() {
clearInterval(ctr);
clearTimeout(ctr2);
document.getElementById("foo").style.display = 'none';
document.getElementById("bar").style.display = 'none';
document.getElementById("baz").style.display = 'none';
i = 0;
}
function cargar() {
if(i==cont.length) {
i=0;
}
ctr = setInterval("displayContent('"+cont[i]+"')",2000);
i++;
setTimeout("clearInterval("+ctr+")",5000);
ctr2 = setTimeout(cargar,3000);
}
window.onload = cargar;
</script>
</head>
<body>
<div id="wrapper">
<div id="content">
<div id="foo">foo content</div>
<div id="bar">bar content</div>
<div id="baz">baz content</div>
</div>
<div id="menu">
<ul>
<li onmouseover="limpiar();displayContent('foo',event);this.style.backgroundColor='#eee';" onmouseout="displayContent('foo',event);cargar();this.style.backgroundColor='#ddd';">foo</li>
<li onmouseover="limpiar();displayContent('bar',event);this.style.backgroundColor='#eee'" onmouseout="displayContent('bar',event);cargar();this.style.backgroundColor='#ddd';">bar</li>
<li onmouseover="limpiar(); displayContent('baz',event);this.style.backgroundColor='#eee'" onmouseout="displayContent('baz',event);cargar();this.style.backgroundColor='#ddd';">baz</li>
</ul>
</div>
<div class="clear"></div>
</div>
</body>
</html>
SALUDOS.