si lo que quieres es en tu codigo es facil mira con eso se llena automaticamente el js del segundo combo pero si te digo que lo que estas haciendo no es muy practico
<?php
$res = provincias($con);
$provincia = 0;
for ($i = 0; $i <pg_num_rows($res); $i++) {
echo "provincias[$i] = new Array();";
$res2 = Localidades ($con);
$arr="Array(";
for ($j = 0; $j <pg_num_rows($res2); $j++) {
$provincia = $fila['Localidad'];
$arr2= "'".$provincia."',";
}
$arr2 = substr ($arr2, 0, strlen($arr2) - 1);
echo $arr.$arr2.");";
} ?>