Hola
En este caso estariamos hablando del Membership Provider de asp.net, y para responder tu pregunta. Si puedes modificarlo, sin embargo es un trabajo bastante complejo, pues ademas de las tablas, debes modificar permisos, vistas, sp, etc
Esta es una guia de como utilizarlo
http://www.4guysfromrolla.com/articles/060706-1.aspx
Inclusive puede que sea mas rapido que crees un proveedor personalizado
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/44w5aswa.aspx
Saludos,