Será por los espacios?
<%
for (int i = 0; i < lista.size(); i++) {
url = "procesarLista.jsp?cn=" + response.encodeURL(lista.get(i))
out.println("<a href =" + url + ">" + lista.get(i) + "</a><br>");
}
%>
Lo que hace el encode es coger el string y quitarle los espacios y demas caracteres especiales.
luego puedes hacer un decode para convertirlo de nuevo en el string normal