Supongo que estas usando php por las funciones que veo ahi...
En este caso el problema no esta en la consulta... sino en el php.
Supongo que los datos los sacas en un while($datos = mysql_fetch_xxx...
Si es asi, lo que debes hacer es mostrar el dato como un checkbox HTML de la siguiente manera (Asumo que el campo se llama "nombreCampo" y que tiene un 0 o un 1:
Código PHP:
Ver original if($datos['nombreCampo'] != 0) $checked = "checked"; else $checked = "";
echo '<input type="checkbox" '.$checked.' name="Nombre" value="'.$datos['nombreCampo'].'">';
}
Suerte!