Hola.
Quizás desde el servicio de hosting puedan limitar el número de subidas al ftp por usuario. Ellos pueden crear, por ejemplo, 2 grupos, administradores y usuarios. Los usuarios máximo una descarga / ip... Y los admins pues como hasta ahora.
Por otro lado, ya existen
listing scripts que puedes implementar con "facilidad".
A ver si te sirve de ayuda. Un saludo.