weno ese problema me paso hace tiempo y probando y probando me di cuenta que si tu haces 2 addChild() uno para el rectangulo y otro para el swf, te van a salir en distintos lados, no son como los DIVS que se chanta dependiendo del orden; lo que sho hice para resolver ese problema jue
addChild(rectangulo);
y luego como lo quiero dentro de ese rectangulo "movie clip" solo puse otro addChild del swf.
rectangulo.addChild(swf);//para que el mc se abra dentro del mc del rectangulo
ahora recuerdo que cuando hacia eso se movia dentro del mc_rectangulo, solo para alinear ponle sus cordenadas, eso se hace facil desde el panel proipedades donde estan las x e y , la manera difícil es probando hasta que le tines por ejemplo:
ldr.x=-150;
ldr.y=-50;
rectangulo.addChild(ldr);
WENO ASI DEBERIA FUNCAR